Schmelze die Butter in einem kleinen Topf und lasse sie leicht abkühlen.
Verrühre das Ei, den Joghurt, das Instant-Kaffeepulver und den flüssigen Honig in einer Schüssel, bis alles gut vermischt ist.
Gib das Vollkornmehl und das Backpulver in eine große Schüssel und mische die flüssigen Zutaten vorsichtig unter. Gieße den abgekühlten Kaffee hinzu und verrühre alles zu einem glatten Teig.
Heize den Ofen auf 180 °C Ober-/Unterhitze vor und bereite ein Muffinblech mit Papierförmchen vor. Fülle den Teig gleichmäßig in die Förmchen.
Bestreue die Muffins mit dem Rohrzucker und den Kürbiskernen. Backe sie etwa 20–25 Minuten, bis sie goldbraun sind und ein Holzstäbchen sauber herauskommt.