Heize den Backofen auf 180 °C Ober-/Unterhitze vor. Streiche eine Auflaufform von innen mit Olivenöl ein.
Schneide die vorgekochte Rote Bete in dünne Scheiben (ca. 4 mm).
Ziehe die Knoblauchzehe ab und hacke sie fein. Schneide den Ziegenkäse in kleine Stücke.
Gib die Sahne mit etwas Salz, Pfeffer, Muskatnuss, dem gehackten Knoblauch und den Thymianzweigen in einen Topf und bringe die Mischung zum Sieden. Nimm den Topf vom Herd und lass alles für rund 15 Minuten durchziehen.
Schichte die Rote-Bete-Scheiben gleichmäßig in die Auflaufform. Bestreue dabei jede Schicht mit etwas Salz und Pfeffer und verteile auch die Ziegenkäsestücke zwischen den Schichten. Achte darauf, auch auf die oberste Schicht Ziegenkäse zu streuen.
Entferne die Thymianzweige aus der Sahne-Mischung und gieße sie gleichmäßig über das Gratin. Träufle nach Geschmack den Honig über das Gratin.
Backe das Gratin im vorgeheizten Ofen für rund 25 Minuten, bis der Ziegenkäse geschmolzen und leicht braun ist.
Nimm die Form aus dem Ofen, lass das Gratin für ein paar Minuten ruhen. Röste in der Zwischenzeit die Pinienkerne in einer Pfanne ohne Fett leicht braun an. Streue die Kerne über das Gratin und serviere es sofort als Hauptgericht oder Beilage.